Ganz reißerisch würde ich behaupten, dass 90% der Leute, die meinen mehr Pins zu benötigen, diese gar nicht brauchen. 
Ein- und Ausgänge lassen sich auch schön mit Schieberegistern erweitern, was zudem noch den "Programmierhoriziont" erweitert. Den größten Vorteil des Mega sehe ich in der stark erhöhten Speicherkapazität.
Wie auch immer, du hast ja beide Boards verlinkt, die Pins liegen an identischer Position. Die Boards sollten demnach kompatibel sein, wenn du dich klassisch auf klassische Ein- und Ausgänge beschränkst. Sonderfunktionen wie SPI und I2C sprach Uwe ja bereits an. Der große Nachteil des Mega ist der höhere Preis. 
Seit heute ist übrigens der Arduino Due erhältlich, der wiederum pinkompatibel zum Mega ist. Die Software ist derzeit im Betastadium, er ist aber noch leistungsfähiger als der Mega (32bit vs. 8bit). Größtes Manko: läuft mit ausschließlich mit 3,3V und die Ausgänge dürfen nicht mehr so stark belastet werden. Was die Atmega328 nochmal verzeihen konnten, kann hier schonmal der Magic Smoke vortreten...