Eh si guglielmo, questo mondo dell'elettronica e' immenso e io, come al solito, ho più presunzione che realismo nella mia mente!
So con perfezione che anche utilizzando la MEGA, sarebbe dura sfruttarla davvero, ma come al solito parte la voglia di possedere il "meglio in circolazione".
Questa scheda è una bomba, si vede, ma il semplice fatto che potrei incontrare problematiche (superiori a quelle Arduino) riguardo alla sua programmazione, come appunto hai elencato tu, mi fa capire che e' davvero meglio partire dal gradino giusto.
Anche perche' so di poter programmare con Arduino e contemporaneamente so anche che non riuscirei a programmare in MatLab o altri complilatori ben piu' seri e completi (riguardo al c++).. mmm penso proprio che rimarro' sulla MEGA.
In effetti la mia domanda era molto pretenziosa.. Hanno processori differenti e sarebbe stata una mezza follia pensare che le librerie Arduino (che sicuramente bazzicano anche a basso livello, almeno penso) e quindi anche lo stesso IDE, sarebbe stato possibile utilizzarlo con questa scheda 
P.S. : Tanto per capirci ... ti parla uno che ha preso in mano il primo transistor nel 1965 ... quindi, più o meno (magari molto meno che più smiley-mr-green) ... so cosa una persona che comincia cerca e a cosa può andare incontro ... smiley-wink
Si, seguo il tuo ragionamento al 100% e non oso immaginare come hai visto evolversi questo mondo straordinario dal 65 ad oggi!