se metti quel jumper il 16u2 va in modalità DFU ovvero programmazione tramite seriale, una specie di secondo codice che si attiva, devi usare il tool atmel per riflashare il firmware... avevo scritto un post per passaggi per spiegare come farlo (con flip) ora lo cerco..
EDIT:
eccolo 
comunque non è il primo caso di 8u2 e 16u2 che si "sprogrammano" da soli e la cosa non mi pare carina..
dovremmo mettere delle ipotesi, secondo me si resetta quando non ha abbastanza corrente e quindi passa da solo in modlità DFU (si non ha molto senso però che spiegazione si potrebbe dare?)...