Es gibt keinen Grund wieso der Arduino Micro pfeifen/fiepen sollte/könnte.
Gibt er auch Geräusche von sich wenn Du den Elektromegnet abklemmst? Ich habe den Verdacht daß durch einen Fehler im Sketch der Elektromagnet immer wieder kurz Spannung bekommt und dann wieder abgeschaltet wird. Das Einschalten ist so kurz daß sich der Kern nicht merklich bewegt aber dennoch etwas schwingt.
Zur Spanungsversorgung:
Wenn es nur ein Geschenk sein soll das 1-2 Stunden während der Hochzeit funktionieren muß sind die 12V an Vin OK. Ansonsten die 8 Batterien und ein Step Down Wandler auf 5V und an 5V Pin einspeisen. Du solltest aber nicht gleichzeitig USB und die 5V anm +5V Pin einspeisen. Das eine oder das andere. 6V Batterie und StepupWandler halte ich für nicht sinnvoll da der Elektromagent wahrscheinlich etwas mehr Strom braucht.
Zeig uns mal die Schaltung und den Sketch. Was versorgst Du mit den 5V des Arduino noch?
Grüße Uwe