menniti:
Quindi, riepilogando, se non si prevede di usare l'ADC allora Vcc e Avcc vanno collegati assieme, in caso contrario vanno disaccoppiati, ecco perché Arduino dà sempre piccoli problemi con le letture analogiche
Arduino è general purpose, spesso in fase di progetto è necessario scendere a compromessi sacrificando le prestazione in favore della versatilità.
Non a caso ho indicato lo schema ottimale general purpose dove puoi usare i pin sia come input ADC che come out digitali che quello ottimale per l'uso del ADC, in questo caso non è che non si possono usare gli out digitali per i pin del ADC, però la presenza della R su Avcc limita la massima corrente disponibile su questi pin.
In tutti i casi lo schema ottimizzato per l'ADC non crea problemi se i relativi pin sono utilizzati come segnali digitali e non come driver per device che richiedono picchi rilevanti di corrente come il gate di un mos.