Kann ich so jetzt auch nicht sagen.
Da du sowieso Probleme mit dem Programmieren des Protokolls hast (auch wenn es erst mal funktionieren) würde, wäre Firmata eine Option:
http://playground.arduino.cc/Interfacing/Processing
Damit kann man den Arduino direkt vom PC aus fernsteuern. Das Protokoll wird einem schon abgenommen und man sagt auf dem PC "setzt diesen Ausgang" etc.