Arduino Mp3-Wecker

Ich habe Dir nichts zu den 3,3V geschrieben weil Du sie nicht brauchst. Wieso willst Du die 3,3V anschließen??? Eine Li-Batterie hält 10 Jahre.
Also nur die Batterie an VBAT und Masse anschließen und nichts anderes, keine Diode und keine Spannung.

Abschließende Frage: Wie stellt man das Rtc am besten ein?

Entweder manuell über Tasten, mit einem Sketch oder über eine andere Zeitquelle wie DCF77, RDS, Internet, GPS ecc.

  #include <RTClib.h>
  RTC_DS1307 RTC;
void setup() {
    RTC.adjust(DateTime(__DATE__, __TIME__));
 }
void loop() {
  ...
 }

mit DATE, TIME bekommt man das Datum und die Zeit des PCs.

Grüße Uwe