Sulla Mega hai più int veri (legati nativamente ad un singolo pin) della uno e trovi le specifiche nella attachInterrup() e poi puoi usare l'interrupt sugli altri pin grazie alla libreria PinChangeInt ... studiati entrambe ed avrai tutte le possibilità.
Relativamente hai timer, certo che si possono usare ... basta studiarsi come nel datasheet ... da pag. 118 in poi ... 
Ricorda comunque che, toccando i Timers, sulla mega influenzi :
Timer0
Usato per il PWM sui pin 4 e 13
fast hardware pwm
Timer1
Usato per il PWM sui pin 11 e 12
8-bit phase correct pwm mode
Timer2
Usato per il PWM sui pin 9 e 10
8-bit phase correct pwm mode
Timer3
Usato per il PWM sui pin 2, 3 e 5
8-bit phase correct pwm mode
Timer4
Usato per il PWM sui pin 6, 7 e 8
8-bit phase correct pwm mode
Timer5
usato per il PWM sui pin 45 e 46
8-bit phase correct pwm mode
Pin 47 è usato per il “pulse counting”
Pin 48 è usato per il “input capture”
Guglielmo