Toma tu placa Arduino y prueba independientemente de tu hardware los pines que mencionas. Verifica con un sketch simple que active desactive D8 por ejemplo algo como Blink redireccionado al pin 8.
Usas el tester y verificas tensión.
Lo mismo para cualquier pin.
Si tu hardware (CNC) ha fallado y sigues probando una y otra vez en el mismo ambiente nunca podras determinar la razon del problema.
Prueba lo que te indico y si hay mas pines repite la acción y luego nos comentas.