Bueno, pasaron un par de días y ya le halle la solución. Pero primero quiero dejarles esta información para alguno de ustedes por si llegan a usar esta placa. Les paso estas imagenes:
Como verán el pin D2 por ejemplo está asignado para la función Step pulse del eje X, de la misma forma lo acompaña el pin D5 asignado a direction del eje X, pero si observamos en el shield V4:
Vemos que el pin D2 va al dir del eje X y el pin 5 va al step del eje X, por eso no anda bien el motor. También en la imagen sale diagramado un puente al positivo +5 de los MS1, MS2 y MS3 para el control de los micropasos en los pololus pues los puentes en lugar de ir al positivo va a GND y esto está mal.
En síntesis, el problema de la asignación de pines al step y dir se soluciona modificando el archivo config.h del GRBL si se trata del la versión 0.8 o anterior, posterior a estas se tiene que modificar la librería cpu_map.h o la cpu_map_atmega328p.h, todo esto se hace con un procesador de textos, en mi caso uso el textPad. Les muestro las líneas en config.h:
#define X_STEP_BIT 2 // Uno Digital Pin 2
#define Y_STEP_BIT 3 // Uno Digital Pin 3
#define Z_STEP_BIT 4 // Uno Digital Pin 4
#define X_DIRECTION_BIT 5 // Uno Digital Pin 5
#define Y_DIRECTION_BIT 6 // Uno Digital Pin 6
#define Z_DIRECTION_BIT 7 // Uno Digital Pin 7
una ves modificado tienen que cargar nuevamente el grbl en la placa. Lo que va en 2,3 y 4 tiene que ir 5,6 y 7 y viceversa.
Otra, parece ser que no andan los pololus drv8825 en esta placa, no pude modificar el voltaje de referencia con el potenciometro incorporado y eso que los puse al reves de como van los otros, espero no haber quemado alguno