Vamos a ver... El pin Vin va conectado directamente a un regulador de tension, (no me acuerdo cual), que es como el 7805 y que tambien necesita unos cuantos voltios mas de los 5 para que trabaje bien. Su salida de 5v va conectada a la linea interior que alimenta todos los chip y componentes de la placa y a la cual va conectada la patilla de 5V.
O sea, que puedes alimentas al nano con entre unos 7V minimo por Vin o con 5V por esa patilla marcada con 5V, saltandote en este caso el regulador interno.