Den Level Shifter brauchst Du nicht unbedingt, ich würde es erst mal mit Pull-Ups nach 3V3 probieren. Wenn Du ganz sicher gehen willst, kannst Du das Aktivieren der internen Pull-Ups in der Wire-Bibliothek noch deaktivieren, aber die internen Wiederstände sind so gross, dass sie wahrscheinlich irrelevant sein werden (bei 4k7 oder kleineren Pull-Ups).
Irgendwie machte mir die Arduino Serie so einen genormten Eindruck, wo ich jeden Pin bei jedem Board gleich erwartet hätte.
Die Ungleichheiten werden von der Software nach Möglichkeit korrigiert, aber da die verschiedenen Mikrokontroller die Pins unterschiedlich gemultiplexed haben, kann eine vollständige Übereinstimmung gar nicht erreicht werden.