Ernst16:
Wie schwierig ist der Umstieg....
Kommt drauf an. Wenn du dir ne fest eingerichtete Eclipse-Umgebung saugst und nur noch auf "Clear All", "Make" und "Flash" drücken musst, ist der Aufwand gering und dann stellt sich die Frage, wieso du das eigentlich gemacht hast, da es dir wenig bringen wird.
Möchtest du wirklich auf eine nackte GNU-Toolchain wechseln bzw. diese wo einbinden, siehts ganz anders aus.
Hast du wenig Wissen über Instruction Sets, Assembler, C, Kompiliervorgänge, andere IDE's und den generellen Aufbau eines Prozessors, wie viele Arduino-Nutzer, dann wird diese Aufgabe im ersten Moment schier unlösbar sein. Da steckt einfach zuviel dahinter.
Du kannst alle Arduino-Libs weiterhin verwenden. Möglicherweise, musst du teils kleine Änderungen vornehmen, wenn du Arduino-Standardfunktionen nicht in dein Projekt einbindest.
Da du dies eigentlich wissen müsstest, als geübter uC-Entwickler, schätze ich deine Kenntnisse mal auf moderat bis gering ein.
In diesem Falle, würde ich dir wenns um kleine Projekte geht, empfehlen, vorerst bei Arduino zu bleiben. Du kannst ja bereits in der Arduino IDE Sachen machen, wie Register direkt ansprechen und son Kram. Aber voll aufs Ganze gehen, ist sehr heftig.
Willst du diesen Weg trotzdem gehen. Glückwunsch, du hast dir ein ehrgeiziges Ziel gesetzt, was du hoffentlich erreichst. Bleib am Ball, dann schaffst du das auch 
Dann würde ich dir zu Beginn empfehlen, Rechnerarchitekturen im Allgemeinen zu studieren. Das ist die Grundlage für alles.
Gruss
Felix