Le schede madri diciamo "di qualità" hanno una protezione che interviene a tagliare l'alimentazione sull'USB nel caso che ci sia un prelievo eccessivo di corrente. Può darsi che sia intervenuta questa protezione, che ti ha bloccato l'uso delle porte USB per qualche tempo.
Dopo l'anomalia, se però l'Arduino non viene più riconosciuto ma le altre periferiche sì, potrebbe darsi che si sia danneggiato. Però come dice DevonMiles dovresti descrivere meglio le anomalie che hai riscontrato. Ad esempio, dici che anche una tastiera USB non veniva più riconosciuta però non hai detto se, in un secondo tempo, è tornata a funzionare oppure no. Se ora funziona, la stai usando sulla stessa porta di prima? E che succede se la colleghi alla porta che stava usando l'Arduino? Potrebbe darsi che un corto o una sovracorrente abbia rovinato solo una porta USB (a me è capitato con un PC) per cui a quella porta non funziona più nulla correttamente.