Hallo Machack
Wenn ich dich richtig verstanden habe bist du auf der suche nach einem Barbone Arduino
hier mal ein Link der mir dabei sehr geholfen hatte:
http://www.arduino-tutorial.de/2010/06/barebones-arduino/
Die ganze Sache ist ziemlich einfach nur das programmieren hatte mich damals einige tage an Sucherei gekostet das kann und will ich dir hier ersparen 
Um deinen ATMega zu programmieren kannst du ihm entweder den Bootloader aufbrennen(per ISP) und dann per Serieller schnittstelle ganz normal Programmieren wie halt den UNO usw auch
oder aber du kannst ihm direkt den Sketch wie den Bootloader aufbrennen auch über ISP(so mache ich das)
Falls du keinen ISP Programmer hast brauchst du dir dafür auch keinen Kaufen du kannst einfach deinen Arduino nehmen ihm den Bespielsketch "ArduinoISP" drauf spielen und ihn dann mit deinen Barbone Arduino wie in der Beschreibung verbinden und ab geht die Lutzi
Ich habe mir mittlerweile ein eigenes Shield dafür geätzt und bin sehr zufrieden mit der Geschichte. Ich glaube bei sparkfun würde sowas ca. 20€ kosten aber dann würde sich auch direkt ein ISP Programmer lohnen doch selbst gebaut ist doch immer noch am schönsten
Wenn du noch fragen dazu hast dann schreib mir doch einfach;)