Tu peux définir ton propre protocole, et ce que tu proposes est sans doute suffisant. Comme il n'y a que toi qui l'utilise, tu fais ce que tu veux. Il est cependant plus simple de faire un protocole à taille fixe, ça limite les problèmes. Donc par ex si tu peux envoyer un paramètre variant de 1ms à 200ms comme paramètres, envoie 001->200 ... toujours 3 chiffres. Sans quoi tu ne sauras pas si ton message est complet ou pas.
Maintenant, si tu as un risque de problèmes de communication intempestifs, tu peux ajouter un minimum de sécurité à tes messages par exemple en les encapsulant dans des [] ou autres caractères. Ou encore ajouter un checksum à ton message pour être sur d'avoir eu tout. Avec cela tu sauras si le message est valide et donc si tu peux l'exécuter. J'ai déjà utilisé ça pour des communications sans fils.
Pour la communication entre arduino si le débit n'est pas critique, il est aussi possible d'utiliser de l'I2C avec des résistances pullup adaptées et une vitesse plus lente (http://www.instructables.com/id/I2C-between-Arduinos/). Il y a aussi des répéteurs i2C pour les (très) longues distances ... et tu peux mettre autant d'arduinos que tu veux sur le bus.