Zamundo:
@Claudio_FF: Dici che un semplice filtro passa-basso con R=1KOhm e C=47uF "isoli" meglio di un 4N25?
Su sollecito PM attendevo il risultato del test... anche perché non so come è fatto il resto del circuito 
Direi resistenza (circa) venti volte maggiore e condensatore venti minore.
Naturalmente l'opto isola galvanicamente (separazione funzionale oppure di sicurezza), il filtro RC non isola niente, ma 100MHz passano l'opto (capacitivamente) come una resistenza da pochi K, mentre con l'RC indicato i 100MHz vengono cortocircuitati a massa da 0.000034 ohm.
Poi può essere che non serva a niente lo stesso e che il problema non sia li... ci possono essere tutti i filtri possibili, ma se magari un pin è portato a spasso per metri...