Se vuoi alimentare il Tuo standalone con 3,6 o 3,7V nominali non puoi usare uno stabilizzatore lineare perché la tensione degli accumulatori sotto carica e mezzo vuoti é troppo bassa e va sotto i 3,3V. Ti serve un step-up / step-down switching DC-DC converter come per esempio il AnyVolt Micro. AnyVolt Micro - Universal DC-DC converter steps voltage down and up e lo trovi presso http://www.robot-italy.com/product_info.php?products_id=532.
Il capitolo 8 del datasheet http://www.atmel.com/Images/doc8161.pdf non parla di capacitá interna del quarzo ma solo dei due condensatoremessi a massa. Percui quello scelto da te dovrebbe andare bene.
Ciao Uwe