Hmmh, dort sind eigentlich andere Fuses-Werte drin:
WiringV1Sparkfun2561.name=Wiring V1.1 ATmega2561 @ 16 MHz
WiringV1Sparkfun2561.upload.protocol=wiring
WiringV1Sparkfun2561.upload.maximum_size=260096
WiringV1Sparkfun2561.upload.speed=115200
WiringV1Sparkfun2561.bootloader.low_fuses=0xF7
WiringV1Sparkfun2561.bootloader.high_fuses=0xD4
WiringV1Sparkfun2561.bootloader.extended_fuses=0xFD
WiringV1Sparkfun2561.bootloader.path=build/Wiring
WiringV1Sparkfun2561.bootloader.file=WiringBoot_Wiring-V1.1-2561.hex
WiringV1Sparkfun2561.bootloader.unlock_bits=0x3F
WiringV1Sparkfun2561.bootloader.lock_bits=0x2F
WiringV1Sparkfun2561.build.mcu=atmega2561
WiringV1Sparkfun2561.build.f_cpu=16000000L
WiringV1Sparkfun2561.build.core=AVR8Bit
WiringV1Sparkfun2561.build.hardware=Wiring1.1
Diese Werte machen viel mehr Sinn als die von Dir geposteten.