Danke sth77 für Deine Antwort. Genau das MKII verwendet mein System. Ich werde also eher vorsichtig sein am PC. Habe ja noch einen Netbook, den ich zur Not noch "zerschiessen" kann 
Eigentlich ging es mir hauptsächlich um die Arduino - Bootloader und so Zeugs, welches ich beispielsweise mit dem ISP auf einen Tiny45 laden möchte. Genaugenommen ist das nicht wirklich wichtig, könnte aber recht komfortabel sein wenn man die Arduino Libraries verwenden wöllte.
Derzeit befasse ich mich mit dem ordinären C vom Atmelstudio. Bin da eher noch in der Lernphase. Ich denke es ist ohnehin besser ohne Arduino, die Sache von der Pieke auf zu lernen. Die ersten einfachen Programme habe ich bereits im Tiny am Laufen. (Knightrider - Lauflicht mit 5 LED`s).
Es war schon eine schwere Geburt, das MKII zum Laufen zu bewegen. Musste dazu den Diamex auf V. 1.6 updaten und es lief mit dem neuen Studio6 einfach nicht (Keine Verbindung möglich obwohl MKII zur Auswahl stand). Downgrade auf Studio 5.1 brachte auf Anhieb gute Ergebnisse. Möglicherweise hatte ich am Anfang auch irgendwie die Treiber zerschossen, als ich beim Diamex noch kein Update gemacht hatte.
Genau deswegen bin ich ja so vorsichtig Bin froh nun endlich per ISP hinaufladen zu können 