Hallo,
ich verwende Ubuntu und da ist es problemlos möglich beides gleichzeitig zu verwenden. Einziges Problem ist, das sich das Paket libmtp-runtime nicht mit dem Programmer verträgt, sodass es entfernt werden muss und dass standardmäßig nur der su Zugriff auf den ISP hat. Das lässt sich aber beides einfach lösen, indem man das Paket in synaptic/Softwarecenter (Paketmanager) entfernt und Arduino als su startet (Alt+F gksudo arduino). Sonst brauchst du keine Treiber zu installieren. Linux hat alles an bord. Die Arduino IDE bekommst du auch über synaptic. Vieleicht lädst du dir einfach mal ein aktuelles Image und spielst es auf einen USB-Stick.