Das Problem sprichst du gerade selber an, der Mega und der UNO haben den SPI Bus nicht am selben Ort.
UNO: D11-D13 und am ISP
Mega: D50-D52 und am ISP
Leonardo: nur am ISP
Damit das Shield zu allen Boards kompatibel ist, greift es nur über den ISP auf MISO, MOSI und SCK zu.
D11-D13 sind auf dem Ethernet Shield V5 (und auch V6) nicht verbunden. Siehe auch das Schema in meinem letzten Beitrag. J1 ist die Buchsenleiste.