Hi,
Algunas veces cuando desconectas el USB el IDE pierde el puerto. Cuando esto suceda ve al IDE y mira se aparece el puerto si no aparece entoces cierra el IDE y vuelve y lo abre. Esto hace que el arduino restablesca la comunicacion del USB. A mi me pasa lo mismo y haciendo lo de arriba descrito me restablece la comunicacion del USB. Trata a ver si te funciona.