E' tutta una questione di firmware no?
Siccome il sensore si comporta sempre allo stesso modo, chiudendo quei contatti quando passa qualcuno, non devi far altro che controllare i contatti allarme tramite un pin di Arduino (bisogna capire se c'è un relé che li mette in corto o se forniscono 12V, questo lo ricavi dal manuale del PIR): al primo segnale fai in modo che un altro pin di Arduino piloti un relé solo per 1 secondo, come il segnale termina lo chiudi per tre secondi, e così via.