Hoje iniciei uma pesquisa de como configurar um XBee Pro S2 utilizando um XBee Shield 1.4V da DFRobot através de um Arduino Uno ou até mesmo de um Arduino MEGA 2560 e, infelizmente, NÃO ENCONTREI NADA!!
Estou certo que o programa para configurar o XBee seja o X-CTU.
With the jumpers in the USB position (i.e. on the two pins nearest the edge of the board), the DOUT pin the Xbee module is connected to the RX pin of the FTDI chip, and DIN on the Xbee module is connected to the TX pin of the FTDI chip. This means that the Xbee module can communicate directly with the computer - however, this only works if the microcontroller has been removed from the Arduino board.
Se tirares o microcontrolador da placa, podes usar o shield e Arduino com os jumpers no modo USB.
Se tiveres um XBee Explorer é bem mais simples de fazer isto.
Infelizmente eu estive na mesma posição que tu e acabei por demorar um bom pedaço para colocar as XBee a funcionar. No entanto, devo admitir que um dos links que coloquei tinha tudo o que precisas para o fazer. Na altura não o encontrei e acabei por partir pedra com o manual das XBee.