Arduino no es compatible, la netduino sí, me suena que también lo son las fez panda y domino, pero no las conozco mucho.
Me parece un poco tontería pillarse la netduino solo por la comunicación serie, que probablemente sea más fácil en Arduino, pero cada uno sabe que tiempo y dinero quiere invertir asi que lo que más te convezca.
Y sí, debería simplificarlo, pero como te digo, no estoy muy al día de esas placas.