Usar un controlador de motores se hace por varias buenas razones:
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La intensidad que puede proporcionar el Arduino es muy limitada y si sobrepasas ese máximo, lo fríes. Un controlador de motores admite mucha más intensidad, puesto que toma la alimentación de una fuente externa.
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Un motor de CC, cuando le quitas la corriente y gira por inercia es un generador de CC, con lo que estás mandando corriente de vuelta que puede freír el Arduino. Por supuesto puedes utilizar únicamente un puente de diodos, pero, al estar basado en semiconductores tiene un consumo, con lo que lo expuesto en el punto anterior se agrava.
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Una alternativa al controlador es un puente de diodos y unos transistores, pero, a pocos motores que quieras controlar, aunque solo sea para dar potencia sin control de velocidad ni sentido, el circuito que tienes que montar es bastante más complicado, grande y caro que si utilizas el controlador de motores, que, al fin y al cabo, contiene ese mismo circuito pero empaquetado en un chip.