Devi fare molta attenzione utilizzando il motor shield e la YUN. (presumo tu parli del Motor Shield ufficiale)
La YUN (http://arduino.cc/en/Main/ArduinoBoardYun) infatti non ha a bordo lo stabilizzatore a 5V per cui non potresti usare tensioni maggiori.
Nel caso dovessi aver bisogno di alimentare i motori tramite i connettori a vite Vin e GND con tensioni maggiori devi tagliare il ponticello "Vin connect" (puoi fare l'operazione con una taglierina ma stai molto attento a non tagliare altre piste.
Per ricollegarlo basta una goccia di stagno.
Questo però implica che dovrai fornire alla YUN una seconda alimentazione a 5V.
Non dovresti aver problemi invece con i pin poiché gli unici "riservati" sono il pin 0 e 1 per la comunicazione seriale con l'AR9331 (la parte Linux della YUN) e in futuro il pin 7.