Le due schede hanno un approccio differente.
La YUN è l'unione di un ATmega32U4 (il microcontrollore programmabile in C con l'IDE di Arduino) e l'AR9331 (un processore SoC su cui gira la distribuzione Linux Linino).
La Ethernet, la USB e la SD sono collegate all'AR9331 e vengono gestite da Linino, non sono direttamente visibili dal 32U4 ovvero dallo sketch, ma bisogna utilizzare delle librerie "ponte" e dei processi che girano sotto Linino.
Su Linino è possibile installare php e il gestore per mysql.
Oltre al php è possibile creare script in Pyton.
La Arduino Ethernet è l'unione di una Arduino UNO e di una shield Ethernet (con chip WIZ5100).
Per programmarla necessita di un convertitore USB/Seriale con attacco FTDI standard, poiché è sprovvista di USB.
Con la Arduino Ethernet, la gestione della rete e della SD è tutta a carico del microcontrollore (ATmega328P) e quindi dello sketch.
Ci sono alcuni utenti che si sono cimentati con il collegamento diretto ai serve mysql ma con scarsi risultati. Se invece, come hai detto, ti interfacci con una RASPY o col PC via seriale, ad esempio la cosa diventa più semplice. (per il PC ti servirà comunque il convertitore di segnali seriale/USB).
A questo punto però torna il discorso della programmazione della RASPY o del PC tramite un linguaggio come php o altri, cosa che potresti fare allora sulla YUN.
Inoltre la YUN ha anche il modulo WiFi ed è programmabile, lato microcontrollore, in remoto (su rete locale).
Spero di non averti fatto venire ancora più dubbi. 