niki77:
Grazie penso di aver capito il concetto, in sostanza sono molti i registri interessati anche per fare le cose più semplici tipo i/o generico e possono essere configurati in innumerevoli modi.
Dimenticavo, oltre al numero spropositato di registri da settare, che corrisponde a molte funzionalità diverse delle periferiche, c'è pure da fare i conti con risorse che sulle mcu da 8 bit non esistono, primo fra tutti il DMA, poi possono essere presenti anche un core DSP e la FPU, tutte cose utilissime che fanno volare il micro, ma sono anche complesse da usare e in caso di cattivo uso possono creare problemi "assurdi" difficili da scoprire.
Aggiungi la presenza di periferiche complesse come la USB OTG (può fare host), il MAC Ethernet, etc, ed ecco che il tutto diventa molto complesso da gestire, sopratutto per chi arriva dal mondo delle mcu a 8 bit e ha "giocato" solo con Arduino 
Per chi vuole di tutto di più, ovvero sia poter programmare direttamente la mcu (core ARM9 @400 MHz), ma anche poterci mettere sopra Linux (Debian 6), c'è la nuovissima Aria G25 prodotta da Acme System, costa poco e offre moltissimo, però non è un oggetto per principianti.