>Meine Fragen sind. Kann ich sie neutral einstellen so das es später zu keinen Fehlern kommt das der Ausgang nicht als Input oder Output definiert ist?<
Du kannst ALLE Portpins als I/O anlegen. (siehe im Menu Direction (Schraubenschlüßel) und dort > io)
Dann sind alle Pins Eingänge bzw. Ausgänge und es kommt zu keinen Fehlermeldungen.
Die Pins GND und PWR bzw. +5V werden am bestaen als PWR festgelegt, wenn man jetzt die Pins mit dem entsprechenden Supply z.B. +5V verbindet werden GND und +5V im Layout automatisch erkannt und verbunden.
Und wie mache ich es richtig also z.b Reset ist das ein Input oder Output und wie erkennt man das.
Nun ja, RESET ist doch ganz klar ein Eingang (in). Als Schaltungsbauer sollte man sowas schon wissen :-]
Reset ist auch nur ein I/O Pin, da er auch als normaler I/O Pin verwendet werden kann.
Das sollte man allerdings nicht machen wenn man keinen entsprechenden Programmer hat,
denn der Prozessor kann dann nicht mehr über Standard ISP oder USB programmiert werden !!
Du kannst aber auch nach "arduino eagle library" über eine Suchmaschine fertige Librarys finden.
Ich hoffe ich konnte Dir etwas helfen 
mfg
mcus