Da würde ich ja eher avrdudess
vorschlagen.
Denn es kann mit COM Ports > 3 umgehen
Das (Flash) Auslesen geht auch über den Bootloader
PS:
Um z.B. mit dem USBasp arbeiten zu können, muss der mitgelieferte avrdude und seine conf Datei gegen den bei der Arduno IDE mitgelieferten ausgetauscht werden.