Hallo igelstein,
du kannst den Mega als Programmer benutzen. Dafür gibt es in den Examples das Programm ArduinoISP. Das spielst du auf den Mega auf.
Habe das selbst noch nie probiert, sollte aber funktionieren.
Wenn du über die Arduino IDE programmieren willst, musst du unter Programmer "Arduino as ISP" und als Board Arduino Uno einstellen.
Problem ist meist, dass die Fuses eines neuen Atmega328 nicht so eingestellt sind, wie das für den Uno sein sollte.
Wenn du unter Linux arbeitest, kannst du das mit dem Programm Arvdude einstellen.
Die Werte für die Fuses, zB für den Uno, findest du in dem File board.txt in deiner Arduino Entwicklungsumgebung.
Schreib mal zurück, mit welchem Betriebssystem du arbeitest, dann kann ich dir besser weiterhelfen.
Den myAVRUSB habe ich auch, kann ich auch weiter empfehlen, ist in jedem Fall einfachen als den Mega immer als Programmer zu verdrahten.
Gruß
Reinhard