michael_x: leider weiß ich nicht was du meinst, ich bin leider Newbie
Aber mit eigenen Breadboard - Konstruktionen rummachen ...
Und da hab ich extra einen Link auf Deutsch gefunden 
Wenn mit Reset = GND das Blinken aufhört, und es nach Ende ein bisschen dauert ( ein paar sec ) bis das Blinken wieder startet ( und dieses delay nicht im setup() ist ),
dann sollte eigentlich die reset-Verdrahtung in Ordnung sein, und der Bootloader sollte in der Zeit versuchen, einen neuen Sketch zu bekommen.
das blink-programm habe ich mit dem sparkfun ftdi board upgeloaded (einfach RX und TX vom atmega und ftdi verkabelt)
Und genauso willst du jetzt einen anderen Sketch draufkriegen, stimmts?
Schade, dass dein Blink vermutlich nichts mit Serial macht, sonst könntest du prüfen, ob da was inzwischen nicht mehr geht.
USB Kabel abziehen, drauf achten dass die serielle Schnittstelle weg ist, neu aufstecken ...
Aber so wie du es schilderst, ist wohl Stefan Eisebaers Vermutung ( und damit meine Bemerkung ) etwas weit ab. Müsste ja jemand erstmal das lockbit gesetzt haben...
Newbies (bin ich eigetlich auch) haben den großen Vorteil, dass sie einfachere Sachen lernen können und mehr Leute fragen können...
Auf Dauer solltest du Fusebits (und Lockbits) mal googlen, und dich an avrdude rantrauen, wenn du vom echten Arduino auf eigene Breadboard-Konstruktionen umsteigst.