Certo che è possibile e il forum è qui per darti una mano.
Unica richiesta è che a lavoro finito, se ti va, potresti condividere il progetto con schemi, foto e codice.
Per iniziare puoi fare una ricerca sul forum di "arduino standalone". Dovresti trovare molti topic che spiegano l'argomento.
Riguardo alla 2009 e alla Uno, in versione stand alone non c'è alcuna differenza se non nel bootloader... ma quello tanto lo si toglie. (presumo programmerai il micro via connettore ICSP)
Per la parte di programmazione c'è la fantastica guida del prof. Menniti (che assist!!) --> http://www.michelemenniti.it/arduino_burn_bootloader.php
Per iniziare il progetto potresti usare Eagle (http://www.cadsoftusa.com/download-eagle/) e cominciare a buttare giù lo schema(tics). Per suggerimenti e correzioni dello schema chiedi pure.
Fatto lo schema e corretto puoi passare alla realizzazione del PCB sempre con Eagle. Per la fase di realizzazione, se vuoi un lavoro professionale potresti rivolgerti ad un service.
C'è ne uno aperto da un utente del forum, credo a Roma.
Buon lavoro.