La procedura è questa:
http://arduino.cc/en/Hacking/DFUProgramming8U2
Però ricordati di quanto ti ho detto (che mi pare tu abbia ignorato):
leo72:
Quello del link di aleale non è un bootloader per l'Atmega8U2 ma un firmware. Quindi si resetta l'8U2 e lo si fa entrare in modalità programmazione, si flasha il firmware usando il bootloader, che non viene cancellato, e si riavvia. Da quel momento in poi funziona con la nuova modalità di collegamento MIDI.Attenzione, però! E' per l'8U2, mentre aleale ha la UNO R3, che usa il 16U2. Quel firmware non può essere flashato così com'è ma va ricompilato per il nuovo chip.