atmega2560 bootloader

Es posible que lo que plantee sea una soberana bobada...o que se haya preguntado 1 millon de veces
Pero el ignorante... sino pregunta...
Es posible que me lance a routear una placa, una variante del arduino mega2560, con soporte tft y esp8266.
Contando que tendre que incorporar el chip usb fdti, como hago para que un atmega2560 sea reconocido por el ide de arduino como un arduino mega2560.

Gracias de antemano

Para programarlo vía serial, pues... programar el bootloader de un Arduino Mega.

En la IDE esto no es automático, hay que especificarle a qué placa se va a subir el programa; caso contrario, puede ocurrir un error en avrdude (software programador del microcontrolador); el cuál dice algo sobre la firma del microcontrolador, o con los fuses.