I fuse l'IDE li modifica soltanto durante l'invio del bootloader, nel normale invio di uno sketch non li tocca. Devi perciò prendere il micro da programmare, metterlo su breadboard, collegarlo all'Arduino per la programmazione ISP e poi inviare il bootloader dopo la modifica al file boards.txt.
avrdude è il programma invocato dall'IDE per le operazioni di lettura/scrittura sui micro Atmel.
Se sei pratico di terminale, puoi direttamente programmare i fuse senza bisogno di passare dall'IDE usando avrdude direttamente.