Giusto come approfondimento, questo è il comando che viene inviato a AvrDude, dall'IDE, quando si usa lo sketch ISP, cioè Arduino viene visto come un programmatore hardware compatibile con l'STK500, in questo caso c'è il parametro -e e il parametro -u per scrivere i fuse con i nuovi valori, ovviamente sul AVR da programmare e non su Arduino, poi viene nuovamente invocato AvrDude per scrivere sulla flash il bootloader utilizzando solo l'opzione -u
Arduino\arduino-1.0.1\hardware/tools/avr/bin/avrdude -CD:\Arduino\arduino-1.0.1\hardware/tools/avr/etc/avrdude.conf -v -v -v -v -patmega328p -cstk500v1 -P\\.\COM4 -e -Ulock:w:0x3F:m -Uefuse:w:0x05:m -Uhfuse:w:0xde:m -Ulfuse:w:0xff:m