Astro, il mio discorso è riferito a ciò che è scritto sia nel Reference dell'ATmega328P che nel manuale originale di AVRDUDE, a proposito del comando Chip_Erase, mi autoquoto:
2 - Però nel manuale di AVRDUDE (opzione -e) c'è scritto "This will reset the contents of the flash ROM and EEPROM to the value ‘0xff’, and clear all lock bits"
3 - Il data-sheet del 328P dice "The Chip Erase will erase the Flash and EEPROM(1) memories plus Lock bits. The Lock bits are not reset until the program memory has been completely erased. The Fuse bits are not changed. A Chip Erase must be performed before the Flash and/or EEPROM are reprogrammed.
Note: 1. The EEPROM memory is preserved during Chip Erase if the EESAVE Fuse is programmed."
Quindi dappertutto è scritto che l'EEPROM viene cancellata senza condizioni, anzi l'unico modo per non cancellarla è abilitare il relativo fuse. Le combinazioni di fuse di Arduino NON abilitano questo fuse eppure l'EEPROM non viene cancellata.
Ho scritto tutto quel bordello di intervento non per spiegare cosa succede ma per evidenziare che ciò che succede è in contraddizione con ciò che ci si aspetta leggendo ben due diversi manuali.