Tieni presente che anche quando usi il bootloader in realtà fai una programmazione ISP, dal punto di vista di AvrDude, anche se questa viene emulata, quello che succede dipende solo dai parametri che fornisci e da come sono settati i fuse.
Generalizzando, l'IDE di Arduino non usa il parametro -e perché in questo modo cancelli anche l'EEPROM, e questo non va bene, quando usi lo sketch ISP viene dato anche il parametro -e e si fa tabula rasa sul micro da programmare.