Ti consiglio di studiarti molto bene la libreria Bridge, ed in particolare la parte che riguarda la Yún come server ...
... non dovrai fare altro che stare in attesa di una HTTP GET e fare il parsing di ciò che ricevi come richiesta (... a te decidere una sintassi da inviare nella richiesta HTTP per mettere HIGH/LOW il pin che vuoi).
L'esempio "Bridge" è un buon punto di partenza 
Guglielmo