Empecemos por el comienzo.
Arduino Mega Rv3 tiene 54 I/Os ver link no 31.
Segundo puedes usar algun dispositivo I2C multiplexor y puedes usar Shift Register como el 74HC595
Tambien puedes usar un decodificador bcd a decimal como el 74HC42 o sus versiones de mas velocidad HC o contrapartes CMOS.
Una simple busqueda en Google : arduino nixie schematic reveló esto, espero te sirva de ayuda
