Yo te entiendo perfectamente, simplemente te explico en donde, desde mi punto de vista, está el problema.
Ahora con más datos, tu pulso es de 1/320, los LEDs están demasiado tiempo apagados.
¿Por qué no pruebas llevar el timer a 10KHz?
Así tendrías un tiempo de encendido de 100 useg y te quedaría un ciclo de trabajo de 1/32 que es muchísimo mejor que 1/320.
Obviamente quita el contador que usas para el apagado porque no haría falta ya que se cumple perfectamente el ancho del pulso que marca el fabricante (el duty cycle no, pero lo importante son los 100 useg, el resto es para que la juntura se enfríe, y te aseguro que se va a enfriar 
).
Saludos