Si, yo el ciclo de trabajo lo tomo en base al barrido completo porque al ciclo lo tomo entre los flancos ascendentes de cada pulso.
Si un LED se enciende al dispararse la interrupción, luego se apaga y no vuele a encenderse hasta que "le toque" de nuevo 32 interrupciones después, el ciclo de trabajo es 1/32.
Como tu reduces 1/10 el pulso pero no aumentas la frecuencia del timer, tu ciclo de trabajo pasa a ser de 1/320.
100 useg cada 32000 useg , simplificando es 1 cada 320 o sea 1/320.
Por eso te sugerí cambiar la frecuencia del timer a 10KHz, no tienes que ajustar tu el tiempo de encendido porque ya es de 100 useg, y amplias el CdT a 1/32. 
Saludos