Um einen Ausgangstakt zu erzeugen habe ich einen Timer verwendet, der mir an Ausgang 9 ein Rechtecksignal ausgibt.
Funktioniert eigentlich ganz gut, nur liegt die Ausgangsspannung nur bei 2,5V laut Oscar.
Eigentlich bin ich davon ausgegangen, das der Pegel doch bei 5V liegen sollte.
Eingangssannung für den Atmega habe ich gemessen und liegt bei 5V
Woher kommt das?
Muß ich da jetzt noch einen Ausgangstransistor vorsehen?
Sollte eigentlich 5 Volt sein, was hast Du denn an Hardware an den Pin angeschlossen?
Oscar, das Oszilloskop oder Oscar, das Multimeter? 
Wenn du auf diese Art ein Rechtecksignal mit 50% Duty Cycle erzeugst, hast du als Effektivspannung 2,5V.
Als Hardware habe ich eine Schrittmotorendstufe angeschlossen (BEAST von Benezan).
Die 2,5V liegen aber auch bei unbelastetem Ausgang an.
Gemessen habe ich mit dem Oszilloskop 
Mensch, das hat mich Stunden gekostet 
Am Oszilloskop hatte der Schalter einen zu hohen Übergangswiderstand.
30-50 mal dran gedreht und schon sinds 5V.