La Leonardo, la Due e tutte le altre schede che usano quegli stessi chip hanno una diversa modalità di reset.
Occorre aprire e chiudere la porta seriale alla velocità di 1200 baud: questo attiva il reset della scheda. Sarà poi compito del bootloader verificare se entrare in modalità programmazione o meno.
Ricordo che la DUE ha il bootloader di fabbrica memorizzato su ROM e la possibilità di essere programmata da entrambe le porte USB.
Non c'è bisogno di alcun sistema per disabilitare l'autoreset, perché con la semplice apertura della seriale, ad esempio a 9600, non si resetta.