Negativamente jamás lo va a afectar. Hablamos de la velocidad para subirle el sketch... en que lo vas a afectar.
Te afectas tu teniendo que esperar mas tiempo.
ve tu directorio donde esta instalado Arduino y dentro busca la carpeta hardware/arduino/avr/board.txt y busca el tag que corresponde a esta placa de 5V Pro Mini y cambia la velocidad de 57600 a menos... 39600 creo que era la inmediata inferior.
Si no funciona lo vuelves a cambiar y nada pasó.