Buenas surbyte,
no sé si esos arduinos me venían o no con bootloader, pero yo se lo metí igualmente cuando ví que no funcionaban, ya que fue lo primero que pensé, y me extraña que si no vienen con bootloader de fábrica, y se lo cargas tú, no funcione con un programador que no sea un arduino.
Una pregunta que me surge ahora que me comentas eso, ¿cómo puedo estar seguro de que el bootloader que metí está bien cargado? No daba ningún mensaje de error al hacerlo, y según pude comprobar, si cargaba el bootloader de 8MHz en lugar del de 16MHZ, al usar el código de ejemplo "blink" cambiaba el tiempo de parpadeo (duraba el doble de tiempo), y esto me daba a entender que se cargaba bien.
Muchas gracias y un saludo