¿Has probado a pulsar el reset del arduino cuando finaliza la compilación e intenta iniciar la subida del programa? Espera a ver "subiendo" en la parte inferior del IDE de arduino y pulsa reset en ese momento.
A veces los programas que usan interrupciones (por ejemplo el lector de infrarrojos) no dejan detectar al arduino que lo estamos intentando reprogramar.
Saludos.